Ο τομέας Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων στοχεύει να βοηθήσει τους επισκέπτες του Μουσείου να προσεγγίσουν και να κατανοήσουν τις πολλαπλές όψεις του βυζαντινού πολιτισμού, που παρουσιάζονται στη μόνιμη έκθεση, με τρόπο εύληπτο, ευχάριστο και ψυχαγωγικό. Για το λόγο αυτό παρέχονται έντυπα που αφορούν συγκεκριμένες θεματικές ή εκθέματα του Μουσείου.

Η εκπαιδευτική πολιτική του Μουσείου δίνει έμφαση στην ανάπτυξη της επικοινωνίας με τις οικογένειες. Οι δραστηριότητες "Κυριακές στο Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού" αποτελούσαν το κύριο πρόγραμμα που απευθυνόταν στις οικογένειες. Παράλληλα, στο πλαίσιο εορτασμών και άλλων εκδηλώσεων του Μουσείου πραγματοποιούνται δραστηριότητες και διατίθενται φυλλάδια για ελεύθερη επίσκεψη, τα οποία δίνουν τη δυνατότητα η επίσκεψη στο Μουσείο να είναι δημιουργική και ευχάριστη.

Ο τομέας Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων προσφέρει δραστηριότητες για Άτομα με Αναπηρίες (ΑμεΑ). Έπειτα από συνεννόηση και συνεργασία με τους υπεύθυνους συνοδούς τους υλοποιείται εκπαιδευτικό πρόγραμμα, το οποίο προσαρμόζεται στις ιδιαίτερες ανάγκες της κάθε ομάδας. Επισημαίνεται ότι εκπαιδευτικά προγράμματα προσφέρονται για όλες τις ηλικιακές ομάδες (νήπια-δημοτικά-γυμνάσια-λύκεια-ενήλικες).

Ο τομέας Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων στοχεύει στη συστηματική ανάπτυξη της επικοινωνίας του μουσείου με τους εκπαιδευτικούς.
Στο πλαίσιο αυτό σχεδιάζονται έντυπα για τον εκπαιδευτικό, τα οποία συνοδεύουν τα εκπαιδευτικά προγράμματα και έχουν ως στόχο με την παροχή εκπαιδευτικού υλικού να δώσουν τη δυνατότητα στους εκπαιδευτικούς να υλοποιήσουν μόνοι τους το πρόγραμμα στο Μουσείο.
Παράλληλα, υλοποιούνται σεμινάρια/ημερίδες, όπου οι εκπαιδευτικοί ενημερώνονται για τα προγράμματα του Μουσείου και για τους τρόπους που μπορούν να σχεδιάζουν και να πραγματοποιούν εκπαιδευτικές επισκέψεις.