Ο τομέας Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού δραστηριοποιείται στο σχεδιασμό και στην υλοποίηση εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων από το 1998. Με στόχο την ανάπτυξη της επικοινωνίας του Μουσείου με το κοινό και την ενίσχυση του μορφωτικού του ρόλου σχεδιάζει και υλοποιεί εκπαιδευτικές δράσεις, για να υποστηρίξει διαφορετικές ομάδες κοινού. Παράλληλα, διοργανώνει εκδηλώσεις με αφορμή εορτασμούς, όπως η "Διεθνής Ημέρα Μουσείων" και οι "Ευρωπαϊκές Ημέρες Πολιτιστικής Κληρονομιάς".

Για την κάθε ομάδα κοινού προτείνονται διαφορετικές δραστηριότητες, όπως εκπαιδευτικά προγράμματα, σεμινάρια, δημιουργικά εργαστήρια και παιχνίδια ρόλων (RPG).

Επιπρόσθετα, σχεδιάζει και παρέχει έντυπο υλικό, όπως βιβλία για τον εκπαιδευτικό και φυλλάδια για ελεύθερη επίσκεψη.